Der Begriff Schaftfräser bezieht sich nicht auf die Art des Fräskopfs, sondern auf die grundsätzliche Bauform des Fräsers.
Ein Schaftfräser verfügt am oberen Ende über einen zylindrischen Schaft. Dieser dient zur Aufnahme und kraftschlüssigen Verbindung des Fräsers im Spannfutter einer Werkzeugmaschine, insbesondere einer Frässpindel oder Oberfräse. Handelsüblich sind Schaftfräser mit Schaftdurchmessern von 6mm, 8mm, oder 12mm. Ältere Fräser und Sonderbauformen können auch Schaftdurchmesser von 5mm oder 10mm aufweisen. Für jeden dieser Schaftdurchmesser sind die passenden Spannzangen für die Spannfutter von Werkzeugmaschinen erhältlich. Fräser, die aus angloamerikanischer Fertigung stammen, können mit Schäften in nichtmetrischen Maßen ausgestattet sein. Zur Verwendung solcher Zoll/inch-Fräser sind auch die passenden Spannzangen nötig (1/4"= 6,35mm, 1/2"= 12,7mm, 3/8"≈9,53mm).